Aun cuando se hayan respetado las posibles contraindicaciones para la práctica de la biopsia y se haya elegido la técnica más adecuada en cada caso, y se haya llevado a cabo el procedimiento con toda corrección, pueden aparecer complicaciones, que pueden ir desde dolor en la zona biopsiada hasta hemorragia o perforación de una víscera hueca.
Las complicaciones más frecuentes, como el dolor y el síncope vasovagal (lipotimia o mareo), son las más leves y las de más fácil control.
Otras complicaciones más graves pero mucho menos frecuentes son:
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Hemorragia (la más frecuente de las complicaciones graves) que se da en alrededor del 1,5% de los casos.
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Punción de otros órganos (evidentemente por error), como el pulmón, el riñón y el páncreas, o de otras zonas anatómicas, como el colon, el intestino delgado o las glándulas suprarrenales.
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Peritonitis biliar por punción de la vesícula o de las vías biliares.
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Infecciones.
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Diseminación de células tumorales por punción accidental de una masa tumoral.